ISOLASI DNA GENOM EUKARIOT DARI DAGING

ISOLASI DNA GENOM EUKARIOT

Pendahuluan

Semakin meningkatnya metode dalam ilmu genetika molekuler memudahkan para ilmuan untuk mengidentifikasi suatu mikroba yang bersimbiosis atau hidup pada tubuh organisme lain. Identifikasi dapat dilakukan melalui metode isolasi DNA genom. Isolasi DNA genom merupakan suatu cara untuk mendapatkan DNA genom mikroba. Isolasi DNA diawali dengan pembuangan atau perusakan dinding sel, dapat dilakukan dengan cara mekanis seperti sonifikasi, tekanan tinggi, beku-leleh, atau cara enzimatis seperti pemberian lisozim. Selanjutnya melisiskan sel, sentrifugasi, hingga pemurnian DNA genom (Rifai 2011).

Mikroba yang diamati adalah bakteri. Bakteri merupakan organisme prokariot berukuran mikroskopis, memiliki bentuk (basil, kokus, spiral) dan penataan (berpasangan, bergerombol, rantai atau filament) yang beragam, beberapa menghasilkan spora, dan pembelahan sel yang khas (Pelczar & Chan 1986). Perbedaan antara bakteri dengan organisme eukariot, yaitu pada RNA pada ribosom berukuran 16s rRNA. 16s rRNA merupakan komponen subunit kecil pada ribosom yang hanya terdapat pada bakteri. Analisis gen penyandi 16s rRNA menjadi prosedur baku untuk menentukan hubungan filogenik dan menganalisis suatu ekosistem karena bersifat ubikuitas dengan fungsi yang identik pada seluruh organisme (Neli 2010).

Tujuan

Praktikum ini bertujuan untuk mengisolasi DNA genom eukariot.

Pembahasan

Identifikasi DNA genom eukariot dengan cara mengisolasi DNA genom bakteri terlebih dahulu karena DNA genom bakteri memiliki sekuen subunit kecil yang khas pada ribosomnya, yaitu 16s rRNA. 16s rRNA merupakan salah satu penyusun subunit 30S, yang penting untuk translasi, dan terdiri dari 1542 pasangan basa. 16s rRNA adalah suatu jenis RNA yang dilibatkan dalam produksi protein. Di antara berbagai teknik yang digunakan, RNA ribosomal paling banyak digunakan sebagai penanda molekuler. Pada prokaryota terdapat tiga jenis RNA ribosomal, yaitu 5S, 16S, dan 23S rRNA. Di antara ketiganya, 16S rRNA yang paling sering digunakan karena bersifat ubikuitas dengan fungsi yang identik pada seluruh organisme, memiliki beberapa daerah yang memiliki urutan basa yang relatif konservatif dan beberapa daerah urutan basanya variatif (Neli 2010).

Pada praktikum kali ini digunakan berbagai larutan untuk mendukung isolasi DNA genom eukariot. Beberapa larrutan tersebut antara lain buffer lisis, proteinase K, NaCl,  RNAse A, Isopropanol, dan ddH2O. Fungsi-fungsi larutan ini antara lain buffer lisis dan proteinase K yang terkandung didalamnya berfungsi untuk melisiskan atau menghancurkan sel dengan cara melarutkan fosfolipid dan komponen protein sehingga membrane sel mengalami kerusakan, NaCl yang berupa ion berfungsi untuk menarik DNA, RNAse A untuk mendenaturasi RNA, dan isopropanol untuk mengendapkan DNA dari yang lain yamg menempel (Brown 1991). Pada metode terdapat tahap precipitasi protein yang merupakan tahap di mana DNA dipisahkan dari protein-protein atau komponen-komponen protein lain.

Berdasarkan hasil percobaan, pita DNA genom eukariot yang terlihat hanya pada lamda (5 µl), kelompok 3, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21 dan 23. Pita DNA genom eukariot yang dimaksud, yaitu pita yang berada di atas sejajar dengan lamda (5 µl), sedangkan pita tebal yang berada di bawah adalah RNA. Pita DNA genom eukariot pada kelompok 1 dan 5 tidak terlihat. Hal tersebut terjadi mungkin karena masalah teknis seperti perlakuan yang dilakukan tidak sesuai, serta masalah bahan atau larutan yang mungkin konsentrasi atau pemberian bahan atau larutan yang tidak benar.

Simpulan

            Identifikasi DNA genom bakteri dapat dilakukan dengan cara analisis gen penyandi 16s rRNA karena bersifat ubikuitas dengan fungsi yang identik pada seluruh organisme, memiliki beberapa daerah urutan basa yang relatif konservatif dan beberapa daerah urutan basanya variatif. Hasil percobaan menunjukkan bahwa pita DNA genom eukariot pada kelompok 23 terlihat sehingga dapat dikatakan bahwa kelompok 23 telah berhasil melakukan percobaan dengan benar. Pita DNA genom eukariot yang tidak terlihat mungkin terjadi karena kesalahan teknis dan bahan.

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s