IDENTIFIKASI BAKTERI PADA DAGING MENGGUNAKAN 16S rRNA

IDENTIFIKASI BAKTERI PADA DAGING MENGGUNAKAN 16S rRNA

Pendahuluan

Berbagai jenis produk tidak luput dari kontaminasi mikroorganisme yang pada akhirnya menyebabkan keracunan pangan. Beberapa bakteri yang kerap kali menjadi sumber kontaminan antara lain Salmonella spp., Campylobacter jejuni/coli, Yersinia enterocolitica, E. coli VTEC, Listeria monocytogenes dan juga Clostridium perfringens. Daging juga bisa menyebabkan intoksikasi yang disebabkan oleh Staphylococcus aureus dan Clostridium botulinum. Keberadaan bakteri ini di dalam daging segar bervariasi, dan biasanya tergantung pada berbagai faktor diantaranya jenis organisme, faktor geografis, kondisi peternakan dan /atau praktek produksi dan pengolahan daging. (Syamsir 2010).

Metode yang dilakukan untuk mengidentifikasi adanya mikroorganisme pada pangan atau yang berada pada organisme eukariot, yaitu dengan teknik RNA ribosomal paling banyak digunakan sebagai penanda molekuler. Pada prokaryota terdapat tiga jenis RNA ribosomal, yaitu 5S, 16S, dan 23S rRNA. Di antara ketiganya, 16S rRNA yang paling sering digunakan dan menjadi prosedur baku. 16s rRNA merupakan komponen subunit kecil pada ribosom yang hanya terdapat pada bakteri. Analisis gen penyandi 16S rRNA menjadi prosedur baku untuk menentukan hubungan filogenik dan menganalisis suatu ekosistem karena bersifat ubikuitas dengan fungsi yang identik pada seluruh organisme (Neli 2010).

Tujuan

Praktikum ini bertujuan untuk mengisolasi DNA genom prokariot dari daging dengan metode identifikasi 16S rRNA.

 

Pembahasan

Identifikasi mikroorganisme kontaminan yang terdapat pada daging kambing menggunakan metode 16S rRNA. Metode ini digunakan secara baku karena bersifat ubikuitas dengan fungsi yang identik pada seluruh organisme, memiliki beberapa daerah yang memiliki urutan basa yang relatif konservatif dan beberapa daerah urutan basanya variatif dapat digunakan untuk melacak keragaman dan menempatkan galur-galur dalam satu spesies. Analisis gen penyandi 16S rRNA praktis untuk definisi spesies, karena molekul ini bersifat ubikuitus, sehingga dapat dirancang suatu primer yang universal untuk seluruh kelompok. Penentuan spesies baru pun dapat dilakukan tanpa mengisolasi mikroorganisme yang bersangkutan. (Neli 2010).

Pada praktikum, isolasi DNA dari sampel daging kambing atau ayam digerus hingga halus kemudian dilakukan proses PCR. PCR terdiri dari tiga tahap, yaitu denaturasi, annealing, dan sintesis DNA. Denaturasi merupakan proses pemisahan dua untai pilinan DNA, di mana ikatan hidrogen yang menyatukan kedua pilinan tersebut lepas sehingga masing-masing akan menjadi utas tunggal dengan suhu 95OC selama 1 menit. Annealing merupakan proses penempelan primer (primer forward dan primer reverse) pada utas tunggal DNA, suhu 55OC selama 30 detik. Sintesis DNA merupakan proses perbanyakan DNA dengan cara pemanasan kembali pada suhu 72OC selama 2 menit. Ketiga tahap ini terus-menerus berulang sampai tiga puluh kali ulangan untuk mendapatkan sekitar satu miliar copy potongan DNA (Aljanabi & Martinez 1997). Setelah itu untuk mengidentifikasinya, DNA divisualisasikan melalui proses elektroforesis DNA sehingga terlihat pita-pita DNA pengkode 16S rRNA yang running.

Hasil elektroforesis pada Gambar 1 menunjukkan bahwa semua kelompok baik laboratorium Bio-5 maupun Bio-4 berhasil, dicirikan dengan adanya pita-pita DNA pengkode 16S rRNA yang running. Pita DNA pengkode 16S rRNA pada kelompok 23 terdapat di bagian bawah sebelah kanan dekat dengan marker. Pita ini terlihat tipis. Dengan adanya pita DNA, maka daging kambing (kelompok 23) terinfeksi mikroorganisme. Namun, mikroorganisme tersebut tidak diketahui nama genus atau spesiesnya. Beberapa faktor yang mempengaruhi keberhasilan identifikasi  16S rRNA antara lain proses isolasi, PCR, elektroforesis, alat dan bahan, serta berkaitan dengan teknis perlakuan.

Simpulan

Metode identifikasi  16S rRNA sering digunakan untuk mengidentifikasi keberadaan mikroorganisme, khususnya bakteri, yang terdapat pada organisme eukariot karena bersifat ubikuitas dengan fungsi yang identik pada seluruh organisme sehingga dapat dirancang suatu primer yang universal. Hasil elektroforesis meunjukkan adanya pita DNA pengkode 16S Rrna pada semua well sehingga dapat dikatakan bahwa daging kambing atau ayam terinfeksi mikroorganisme. Dengan demikian, dapat disimpulkan bahwa praktikan telah berhasil melakukan proses identifikasi dengan menggunakan metode identifikasi  16S rRNA.

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s